第1部分第2部分
本草征要
简介1、本草分经2、海药本草3、神农本草经百种录4、食鉴本草5、吴普本草
尚论篇
自序凡例（六则）卷一 中风门中风（类中导入）卷二 诸伤门伤寒暑（参绪论暑证）湿（湿热）燥火伤饮食劳倦虚损（传尸）卷三 寒热门发热热潮热恶寒（背恶寒）振寒战栗寒热疟厥卷三 诸气门上气郁痞满腹满水
通俗序壶天性果女丹十则（一卷）第一则·养真化气第二则·九转炼形第三则·运用火符第四则·默运胎息第五则·广立功行第六则·志坚行持第七则·调养元神第八则·移神出壳第九则·待度飞升第十则·了道成真女金丹序上
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
卷首序奏玉帝青辞进医书表卷上当明经络须识扶阳住世之法大病宜灸三世扁鹊时医三错忌用转下禁戒寒凉要知缓急五等虚实黄帝灸法扁鹊灸法附∶窦材灸法卷中伤寒伤寒四经见证太阳见证阳明见证太阴见证少阴见证伤风伤寒挟食
马序王序一夏序王序二曹序许序陶序秦序丁甘仁先生别传卷一伤寒案风温案暑温案湿温案痉症案卷二霍乱案泄泻案痢疾案疟疾案喉痧案附∶白喉案附∶痧后案卷三中风案类中案神志案内伤杂病案附∶不寐案附∶肝气肝阳案附∶头
吴序张序自序张声驰序卷上人身一小天地论阴阳互根论五行生克论阴阳治法大要论枢机论卫气行度一经星经天论营气行度一经水行地论百病提纲论望病须察神气论卷中闻声须察阴阳论问证求病论切脉源流论内伤大要论湿气论卷下