序一序二自序跋凡例太极图（图缺）命门水火图（图缺）五气图（图缺）卷之一医论命门水火图说五气图说论膀胱者州都之官津液藏焉气化则能出矣论补脾补肾治血贵静广嗣方论论诸痿胃气当察辨利痢脉病之殊治病求本驳诸家痨
鲙残篇
鲁府禁方
重订产孕集
叙卷一·琼瑶神书天部宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二琼瑶标本运气歌三琼瑶辨十二经水火分治法四宋徽宗崇宁皇帝论五论手足阴阳流注篇六络脉传注周流不息七琼瑶真人
十问合阴阳天下至道谈胎产书杂禁方养生方却谷食气
序一序二凡例卷之一伤寒伤寒论两感论附：嗣真少阴症似太阳太阳脉似少阴不同论太阳论阳明少阳论三阴论三焦论阴证论阴虚论内伤论表症论里症论热症论舌论附金镜录辨舌黑治法结胸论发狂谵语蓄血发发疹（附）发黄吐蛔厥症
徐序自序卷上脏腑经络先后病脉证第一痉湿病脉证治第二百合狐惑阴阳毒病证治第三疟病脉证并治第四中风历节病脉证并治第五血痹虚劳病脉证并治第六肺痿肺痈咳嗽上气病脉证治第七卷中奔豚气病脉证治第八胸痹心痛短气病脉
序卷上本经上品人参甘草黄白术苍术（附）薯蓣石斛酸枣仁大枣芡实莲实莲花（附）莲蕊须（附）莲房（附）莲薏（附）荷叶（附）荷鼻（附）薏苡仁***仁巨胜子赤箭干地黄麦门冬天门冬葳蕤牛膝杜仲枸杞枸杞苗（附）地骨皮
卷首序奏玉帝青辞进医书表卷上当明经络须识扶阳住世之法大病宜灸三世扁鹊时医三错忌用转下禁戒寒凉要知缓急五等虚实黄帝灸法扁鹊灸法附∶窦材灸法卷中伤寒伤寒四经见证太阳见证阳明见证太阴见证少阴见证伤风伤寒挟食